裝柱子(添硅膠)時，有兩種方法：即濕法裝柱和干法裝柱，二者各有優劣。不論干法還是濕法，硅膠(固定相)的上表面一定要平整，并且硅膠(固定相)的高度一般為15cm左右，太短了可能分離效果不好，太長了也會由于擴散或拖尾導致分離效果不好。

　　濕法裝柱是先把硅膠用適當的溶劑拌勻后，再填入柱子中，然后再加壓用淋洗劑 “走柱子”，本法大的優點是一般柱子裝的比較結實，沒有氣泡。

　　干法裝柱則是直接往柱子里填入硅膠，然后再輕輕敲打柱子兩側，至硅膠界面不再下降為止，然后再填入硅膠至合適高度，后再用油泵直接抽，這樣就會使得柱子裝的很結實。接著是用淋洗劑“走柱子”，一般淋洗劑是采用TLC分析得到的展開劑的比例再稀釋一倍后的溶劑。通常上面加壓，下面再用油泵抽，這樣可以加快速度。

　　干法裝柱較方便，但大的缺陷在于“走柱子”時，由于溶劑和硅膠之間的吸附放熱(可以用手摸柱子明顯感覺到)，容易產生氣泡，這一點在使用低沸點的淋洗劑時如乙，二氯甲烷更為明顯。

　　雖然產生的氣泡在加壓的情況下不易察覺，但是，一旦撤去壓力，如在上樣、加溶劑等操作的時候，氣泡就會釋放出來，嚴重時，整個柱子變花，樣品不可能平整地通過，當然也就談不上分離了。

　　解決的辦法是：

　　、硅膠一定要填結實;

　　第二、一定要用較多的溶劑“走柱子”，一定要到柱子的下端不再發燙，恢復到室溫后再撤去壓力。

　　也有介紹在硅膠的上層填上一小層石英砂，防止添加溶劑的時候，使得樣品層不再整齊。但是如果小心上樣，添加溶劑，則沒有這個必要。